A Diretoria Executiva do PROIFES-Federação é composta por membros do Conselho Deliberativo eleitos para um mandato trienal. São dezoito diretorias com representantes de todos os sindicatos federados ao PROIFES, com a responsabilidade da condução da Federação para os períodos eleitos, e também representando o PROIFES em atos, solenidades e eventos institucionais, governamentais e legislativos, no Brasil e no exterior.